北京卷烟工业始于清末民国时期，最早的卷烟生产是1905年清光绪年间黄思永创办的北京爱国纸烟厂。1906年，周锡璋创办了北京大象卷烟厂。1942年，日本人在北平东郊建立东亚卷烟厂，生产燕京、万寿牌卷烟。1948年，北平市卷烟工业同业公会成立，会址为和平门内顺城街甲48号。在旧中国的40多年间，北京卷烟工业基本上为外国资本所垄断，民族卷烟工业发展艰难。
1949年8月，华北人民政府规定：卷烟制造商、贩卖商及酒类产销商均须先到税务局办理开业申请，经批准后到工商部门办理开业登记及商标注册手续。并对切制烟丝、制造卷烟酒器，印刷卷烟商标等行业加强管理。1950年，北京市有机制卷烟厂17家，手工卷烟厂73家，年生产卷烟约4500箱。由于当时北京卷烟工业设备技术水平落后，产品质量次，且上海、天津卷烟厂生产能力过剩，北京市的卷烟工厂于年底前全部停业。
1952年9月，北京市专卖事业公司与中国百货公司北京市公司签订经营国营上海、天津、青岛等七大烟厂卷烟的合同，实行代销。1952年12 月，由北京市专卖事业公司独立实行包销经营。1960年3月29日，北京市公私合营烟丝加工厂成立。所以，在上世纪70年代以前没有国营卷烟工业，毛主席和国家领导人抽烟都分别由外地指定烟厂特供。
说起北京卷烟厂的筹建还有一段精彩的小故事，1969年，柬埔寨国王西哈努克到北京访问，看到毛主席抽烟，就问：“北京本地出产什么牌子的卷烟啊？”。毛主席听后呵呵一笑：“抽北京烟，我还没有这个口福呢！” 当时陪同接待的周恩来总理心里记下此事，后来就指示李先念副总理拨款筹建，才有了北京卷烟厂。
1970年初建时的北京卷烟厂位于中央财经大学校区内。1987年，因执行中央“迁厂还校”政策，工厂搬迁到朝阳区管庄西里42号。2003年 11月3日，北京卷烟厂与上海烟草（集团）公司实现战略性联合重组。2006年12月29日，北京卷烟厂启动位于通州区大稿村的新厂易地技改项目建设，新厂址占地面积500多亩，预计2008年8月建成投产。
北京卷烟厂的发展曾与老一辈无产阶级革命家密切相关。1971年11月，根据中共中央办公厅的决定，为毛主席等中央领导制作卷烟的特供烟卷制组 ——“132”小组成立。“132小组”的命名是取自配方的编号。因为当时为部分中央首长特制的是13号烟，为毛主席特制的是2号烟。几位技术高超的师傅都是从四川什邡卷烟厂挑选来北京的。“132”小组设在南长街80号，对面就是门牌号为81号的中南海。
当时，“132”小组的工作由中共中央办公厅直接领导，生产原料依旧由什邡卷烟厂提供，每个月生产十五到二十条烟。1976年9月，毛主席去世后，“132小组”停止生产，并于1984年正式宣布解散以后，“132小组”所在的四合院的产权仍归北京卷烟厂所有。当年为毛主席特制2号烟的范国荣老师傅退休后，已回到四川什邡生活，如今精神矍铄，生活安详，北京卷烟厂每年都组织人员赴四川慰问探望。2006年，北京南长街进行拆迁改造，原南长街80 号的“132小组”四合院的一扇大门由中国烟草博物馆收藏。
“132小组”解散后，特供烟的生产并没有停止。为了外事需要， 80年代初，北京卷烟厂经与中南海警卫局商谈后成功注册了“中南海”卷烟商标。该商标在图案设计上保持了中国的传统艺术风格，以大红底色并辅以金色，表现了中华民族喜庆、吉利的特点。特别是以毛主席亲笔书写的“中南海”三字更是体现了中国古老文化的精髓。尤其是该烟标采用考究的红色铜板纸印制，使人情不自禁地回想起那段火红的历史。十三大、十四大、亚运会、国庆四十五周年庆典以及招待外宾等场合，特制红中南海都是专用烟。
目前北京卷烟厂“中南海”香烟已经形成各种系列品种，分为烤烟型和混合型两大品种，其中符合国际流行口味的混合型“中南海”成功出口日本市场，销量逐年上升。北京卷烟厂混合型“中南海”产品经历了中草药添加、低焦油减害、低自由基减害、纳米降焦减害四大技术阶段，混合型卷烟的技术含量国内领先，发展方向定位于中式混合型卷烟的生产、研发、出口和对外技术合作基地，正逐步打造成为中国烟草和上海烟草集团在北京的“窗口企业”。
近年来，毛主席的女儿李敏、毛主席身边的工作人员汪东兴、张玉凤还被邀请到北京卷烟厂参观，北京卷烟厂的历任领导也经常到天安门国旗护卫班慰问，同“中南海”保持着良好的关系往来！