自上个世纪90年代初开展全国烟草侵染性病害调查和全国烟草昆虫普查以来，随着我国烟草种植区域的调整和气候等环境因素的影响，我国烟草病虫害种类（种、小种、株系、生物型）、发生区域、危害特点均发生了较大变化。烟草病虫害种类多、危害大，每年造成的损失严重，据不完全统计，每年仅病虫造成的损失多达数亿元，病虫害成为影响烟草生产的可持续发展主要因素之一，另外烟田杂草危害也日益严重，恶性杂草对烟叶产量和品质都造成了不利影响。因此有效控制烟草有害生物，是我们国家烟叶发展中面临的重要课题，是烟叶生产可持续发展的迫切要求。
“全国烟草有害生物调查研究”是中国烟草总公司确立的2009年度重点科技项目，该项目由国家烟草专卖局科技司、中国烟叶公司牵头，中国农业科学院烟草研究所、云南省烟草农业科学研究院和北京科技大学共同承担，依托全国烟草病虫害预测预报及综合防治网络，联合相关高校、科研院所和23个植烟省区进行攻关研究。项目实施5年来，在有害生物种类普查、发生规律监测、种群遗传分化、检测技术等方面取得较大进展。
项目实施五年来，重点加强了对有害生物种类普查与鉴定、种群遗传分化、有害生物检测方法的研究，并取得了较大进展。已基本查明23省烟草有害生物种类及分布情况，编制了全国烟草有害生物名录；已查明病害99种、害虫377种、害虫天敌304种；首次在全国范围内调查了烟田杂草发生情况，明确了烟田土壤杂草种子库组成及动态，鉴定烟田杂草532种；鉴定新发生病害35种，新发生昆虫17种，对烟草斑萎病、靶斑病等区域性发生较重的种类进行了详细研究。
该项目的实施，为烟草有害生物综合治理奠定了基础，为烟叶生产的可持续发展和生态环境保护提供解决问题的策略和技术途径，在理论上和实践上具有重要意义。