雪茄烟发酵目的是为了得到更好的口感味道，去除刺激气味、焦油、尼古丁、雪茄烟气的粗糙感、辣、苦涩等不良感觉，使烟叶经过微生物作用、生物酶催化、反映在其发生的化学变化上。
雪茄的发酵最长可以经历三个阶段的老化发酵。第一次是在叶子收获以后，在雪茄工厂库房里，收获来的烟叶被堆捆成烟叶垛，覆盖上布进行发酵，雪茄工人严密监控温度随时调整，这样的日子在古巴的雪茄工厂里要经历1-3个月。直到叶子变色，变成更深的黄色。其后分拣、并按雪茄叶子的不同等级再淋水再发酵可大量去除焦油、尼古丁等。
当雪茄开始卷制，粘合剂以及湿润的茄衣、夹套会带给雪茄一些过量的水分，这时雪茄工厂会将卷制好的雪茄烟再次进行一个短期的发酵，大约30天，这样雪茄的味道会更加均匀，各个部分达到很好的融合，同时提高干燥程度，一支支雪茄烟平和下来进入可享用的状态。一些不具备继续醇化潜力的雪茄烟就可以被点燃了。而那些潜质良好的雪茄烟还会经历第三次的发酵。
这次的发酵属于第三次，古巴雪茄必不可少的阶段，通常这个阶段3年以上，但不乏7、8年甚至10年发酵的雪茄烟(不通品牌的不通款醇化都不同)。雪茄潜在的丰富味道被完全唤醒，醇化雪茄“养雪茄”的乐趣正在于此，充满神秘诱惑又有着不确定性，这是雪茄发酵的第三个阶段，在此说明一下并非所有雪茄都需要此阶段的发酵，这个阶段只限于口味比较浓重的优质雪茄。