烟斗的日常清理要遵循一定的程序，这样才能最大限度地保证烟斗的清洁和美观。
第一步，等烟斗完全冷却。吸完烟后，先把烟斗放在烟斗架上12个小时以上。
第二步，去除烟灰和烟草残渣。用三合一工具中的小勺将烟斗内残留的烟灰和没有完全燃烧的烟草轻轻挖出。挖的过程中不可损伤炭饼，更不要磕打烟斗，否则容易造成斗口受损，甚至斗柄开裂。
第三步，清洁烟道。将烟嘴从斗柄处拧下，拧的时候要按照一个固定的方向旋转，不可来回反复，否则会造成榫与口柄接口处松动、漏气。然后，用专用的棉质通条蘸上烟斗专用清洁液，疏通、清理烟嘴和斗柄，直至斗钵底部的开孔处，再换用干燥洁净的新通条，多次重复以上步骤，直至完全去除焦油、唾液和清洁液的残留。之后，用洁净吸水的软纸或者医用棉、纱布等，蘸清洁液，擦拭榫口及金属滤芯（使用清洁液的时候一定要注意绝对不能让清洁液沾染烟斗饰面和烟嘴表面，否则会损伤烟斗外部的光泽和颜色）。
第四步，更换滤芯。如果是带滤芯的烟斗，在清理烟道之后，需更换滤芯，滤芯不必每斗必换，但使用不要超过4斗，否则会影响吸烟品质。
第五步，完全干燥。烟斗清理完毕后，不要立刻将烟嘴插回斗柄，因为烟斗拆开后，经过清洁液清理的榫口会有些许膨胀，此时插人，会造成斗柄变形，甚至开裂，一定要等榫口完全干燥后再进行组装。
尽管进行了日常清理工作，但烟斗使用一段时间之后，淤积的焦油、烟灰之类的杂质还是会严重影响吸烟品质。这时候就该对烟斗进行一番彻底清理。资深的烟斗客通常采用食盐和酒精来彻底清理烟斗，这种方法被人们称为“食盐大法”，也叫“除味复苏法”，但只适用于石楠根烟斗或其他木质烟斗，绝对不能用于海泡石烟斗。其具体方法和步骤如下。
第一步，准备适量的食盐、酒精和毛巾、餐巾纸。
第二步，先将烟斗做一次一般的清理。
第三步，在斗钵中灌满食盐，再将酒精倒入斗钵，使其浸透钵内食盐（注意不要让酒精沾染烟斗表面）。
第四步，将烟斗静止放置，等待斗钵内的酒精完全挥发（一般需要一两天的时间）。
第五步，将钵内变成黑色块状的食盐完全清理出来，然后使烟斗风干，24小时之后即可使用。